frei0rの使い方が少しわかったので、今後ビルドするffmpegバイナリはfrei0rを有効にする予定です。
バージョン2.1.1のバイナリのみfrei0rを有効にしたバイナリと差し替えました。ただし利用には別途frei0rのDLLが必要になります。なおgit版は次回から有効になる予定です。)

frei0rのインストール手順

git clone git://code.dyne.org/frei0r.git
cd frei0r
mkdir build
cd build
cmake -G "MSYS Makefiles" .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local
make
make install

DLLがたくさん出来ます。
上の手順だとDLLは/usr/local/lib/frei0r-1にインストールされます。

以下MSYSで利用する場合の例

export FREI0R_PATH=D:/mingw/msys/1.0/local/lib/frei0r-1
ffmpeg -i INPUT -vf frei0r=pixeliz0r:0.02:0.02 OUTPUT
ffmpeg -i INPUT -vf frei0r=glow:20 OUTPUT

といった感じ。
環境変数FREI0R_PATHをDLLがインストールされた場所に設定するか、~/.frei0r-1/lib下にDLLをコピーすることによって、ffmpegがfrei0rのDLLを見つけることができるようになるようです。