クリーンインストールを試したり、いろいろしたのですが、原因は、
NTT西日本セキュリティ対策ツールとTrusteer Rapportが競合していたみたいです。
NTT西日本セキュリティ対策ツールをver.8からver.9にアップデートしたのが原因のようです。
Windows10のエクスプローラーの起動はもちろん全体的にプロセス起動が重くなってました。
MINGWも御多分にもれずで、シェルが特に重くなりconfigureなどのスクリプト、lsなどのファイル一覧を見る操作さえも重い状態でした。
セキュリティ対策ツールの例外設定でMINGWのフォルダを例外指定しても、重いままでした。
そこでTrusteer Rapportをアンインストールしてみたら、一気に軽くなりました。
Windows10全体的に重かったのはもちろんMINGWも復活。
外部ライブラリやFFMPEG本体のバージョンアップに励める状態に復帰できました。

近日、git版のバイナリを更新する予定です。

PS
PC壊れたかと思ったよ。(^_^;;)