Fmpeg:git版(2016-04-16) にて下記のようにお知らせした件の続報です。
2016-04-24追記
32bit版でlibxvidを利用するとffmpeg、ffplayがSEGVすることが判明しました。
なぜかMSYSの起動の仕方で、SEGVしないでエンコードできていたため、発見が遅れました。
コマンドプロンプトや、通常のBashシェルでログインして、試したところ、判明した次第です。
このSEGVは、4月5日のあるコミットの影響なのですが、最適化を行わない(-O0)とSEGVしないこともわかりました。そこでコンパイルオプションを調整して、動作確認をすることといたしました。
これ以降については、確認環境を変更しますので、大丈夫かと思います。


ようやく時間がとれて、FFmpeg側の最適化オプションを調整しています。
64bit版でも、クラッシュはしないものの、最適化オプションによっては、エンコード中にエラーを吐いていました。
調整が終わり次第、新しいバージョンのビルドを行いたいと思います。

PS
なんにしてもOSからクリーンインストールしたら、環境がすっきりしました。